Η ιστορία του γυμνασίου μας ξεκινάει κάπου στα μέσα της δεκαετίας του 90, οπότε και η έντονη οικιστική ανάπτυξη της περιοχής δημιούργησε την ανάγκη ίδρυσης γυμνασίου. Μέχρι το 1995 η Περαία δεν είχε γυμνάσιο. Οι μαθητές γυμνασίου της Περαίας, πήγαιναν στο γυμνάσιο των Νέων Επιβατών. Εκείνη την χρονιά, μία μερίδα καθηγητών του Γυμνασίου Νέων Επιβατών μετατέθηκε στο νεοϊδρυθέν γυμνάσιο που αρχικά είχε όνομα “Γυμνάσιο Περαίας” και όχι 1ο Γυμνάσιο Περαίας, διότι πολύ απλά ήταν το μοναδικό γυμνάσιο στην Περαία. Το νέο πλέον “Γυμνάσιο Περαίας”, αρχικά δεν είχε δικό του σχολικό κτίριο. Τα τέσσερα πρώτα χρόνια της λειτουργίας του, φιλοξενήθηκε στις εγκαταστάσεις των κατασκηνώσεων “Θεοδωρίδης”, που βρίσκονται περίπου 700 έξω από τον αστικό ιστό της περιοχής. Σε αυτό τον χώρο, το γυμνάσιο έμεινε μέχρι και τον Ιούνιο του 1999. Από τον Σεπτέμβρη του 1999 μέχρι και τον Δεκέμβριο του ίδιου έτους, το σχολείο λειτούργησε ως απογευματινή βάρδια στις εγκαταστάσεις του 1ου Δημοτικού Περαίας. Το κτίριο που φιλοξενείται σήμερα το σχολείο, εγκαινιάστηκε τον Νοέμβριο του 1999 και η μεταγγατάσταση του γυμνασίου στο σημερινό κτίριο, έγινε τον Ιανουάριο του 2000, επί δημαρχίας Αντώνη Ματζάρη όπου και λειτουργεί μέχρι σήμερα.
Οι διατελέσαντες διευθυντές από ιδύσεως του σχολείου μέχρι σήμερα είναι
| 1. Αγοραστός Γεώργιος | 1995-1997 |
| 2. Χατζή Σταυρούλα | 1997-2000 |
| 3. Γεωργιάδου Μαρία | 2000-2002 |
| 4. Παπανικολάου Ιωάννης | 2002-2007 |
| 5. Στράντζαλης Κωνσταντίνος | 2007-2015 |
| 6. Στέφος Σωτήριος | 2015-2017 |
| 7. Ξυλά Ελένη | 2017-2022 |
| 8. Αβραμίδου Φωτεινή | 2022-2023 |
| 9. Κοκογιάννης Κωνσταντίνος | 2023- |